Yedi bölümden oluşan roman, 1896 yılının ekim ayında, İzmir’in zengin tüccarlarından Alfredo Vitelli’nin evinin terasında, yıllar önce karısı İsabella tarafından ihanete uğradığını, üstelik karısının bunu en yakın dostu Nicolo Paradisi ile yaptığını öğrendikten hemen sonra içine düştüğü karmaşık ruh halinin anlatılmasıyla başlar. İsabella’nın yıllardır sakladığı mahrem günlük, kendisine kızan hizmetçisi tarafından bulunup özellikle Alfredo’nun onu görebileceği bir yere konulmuştur. Böylece yıllarca gizli kalan ihanet ortaya çıkar. Alfredo, önce karısını öldürmeye karar verir, ardından Nicolo Paradisi’nin cezalandırılması gerektiğini düşünür. Cinayetle intihar arasındaki gelgit, sonunda cinayet işleyecek gücü kendisinde bulamayınca intiharı seçmesiyle son bulur. Tabancasının namlusunu şakağına dayayıp saymaya başlar.

Bu sırada her pazar kendisini ziyarete gelen Nicolo Paradisi de yolda eve doğru yaklaşmaktadır. Alfredo Vitelli, elliye kadar sayıp tetiği çekecektir. Kırk dokuza geldiğinde Nicolo Paradisi eve gelmiş, kapıyı çalmak üzeredir. Burada, Alfredo’yu evinin terasında bırakıp, İsabella’nın, yıllar önce çıktıkları (1879) Yedi Kiliseler gezisinde tuttuğu günlükten bölümler okumaya başlarız.

Gezide olanları, İsabella’yı ihanete iten nedenleri günlükten ve anlatıcıdan öğreniriz. Zamanla anlatımlar iç içe geçer, bazen çelişir. Anlatıcının mı yoksa İsabella’nın mı doğruyu söylediğini anlamak güçleşir.

Bu arada, İsabella’nın ihanetinin gecikmiş acısıyla ıstırap çekerken terasta bıraktığımız Alfredo’nun hayat öyküsü de çocukluğundan başlayarak kısaca anlatılır. Annesinin ölümünün yarattığı ruhsal travmayı, ölümünden kısa süre önce onun yanında gördüğü tanımadığı adamın yaşamının daha sonraki yıllarında zaman zaman karşısına çıkıp hayatını nasıl etkilediğini öğreniriz. Alfredo bir süre sonra gördüğü adamı zihninde var ettiğini, onun aslında günahı temsil eden bir hayalden başka bir şey olmadığını fark edene kadar bu durum sürer.

Güz Kokulu Günahlar, iki ana kahramanlı bir roman. Alfredo ile başlıyor, fakat zamanla İsabella merkeze giriyor. İzmir’de başlayıp Bergama’da biten Yedi Kiliseler gezisi sırasında Tiyatira Kilisesi gezilirken İsabella, Alfredo’yu en yakın dostu Nicolo Paradisi ile iki kez aldatır. Günlüğündeki anlatımıyla, ihanetinin nedeni, Alfredo’nun sadakatsizliğiyle tetiklenen intikam duygusudur. Bu duygu yıllardır bastırdığı başka bir erkek özlemini tetiklemiştir aslında. İsabella günlüğünde Alfredo’nun kendisini gezinin kahramanlarından şair Luca’nın sevgilisi güzel Gabriella ile aldattığını yazmaktadır. Oysa anlatıcıya göre bu tamamen bir yanılsamadır. Yaşamı boyunca pek çok günah işleyen ve bu yüzden acılar çeken Alfredo bu defa masumdur.

Roman, son bölümde yine terasa geri döner. Şakağında tabancanın namlusuyla sayarken bıraktığımız Alfredo, elliyi geçmiş fakat tetiği çekmeden saymaya devam etmiştir. Bu sırada Nicolo Paradisi gelir. O zamana kadar aşağıda uyuklamakta olan İsabella açar kapıyı; birlikte terasa çıkarlar.

Alfredo geldiklerini duyunca tabancayı saklar. İsabella, her pazar olduğu gibi

Nicolo Paradisi’ye Alfredo’nun yanına kadar eşlik eder. Sonra onları baş başa bırakıp tam terastan içeri gireceği sırada Alfredo tabancayı çıkarır ve aklına ilk geleni yapar. Namludan tek kurşun çıkar.  Uzun bir kararsızlıktan sonra hedefine yönelen tek bir kurşun…