Romanın geçtiği Kuzguncuk semti, 1950’li yıllarda, iki havrası, iki Rum Ortodoks ve bir Ermeni kilisesi ve bir camisiyle Müslüman, Musevi, Ermeni ve Rum vatandaşların bir arada yaşadıkları küçük bir Boğaz köyüdür. Romanın kahramanları, David, Ömer, Raffi ve Teodor, Kuzguncuk’ta oturan, fakültede felsefe bölümünde okuyan dört arkadaştır.

Ayrı dinlere ve kültüre sahip olmalarına karşın çok iyi anlaşan bu dört kafadar, günün birinde, Ömer’in dedesinin yıllar önce kendisine anlattığı esrarengiz bir kitaptan bahsetmesiyle içlerinde uyanan meraka karşı koyamayarak hep birlikte bu kayıp kitabı aramaya koyulurlar. Sözü edilen kitap, soldan sağa, sağdan sola, yukardan aşağıya, aşağıdan yukarıya okunabilen ve içinde insanoğlunun merak ettiği tüm soruların cevabının bulunduğu, kâinatın bütün sırlarının anlatıldığı mucizevi bir kitaptır.

Öte yandan aynı kitabın 18. yüzyıl ortalarına doğru Fransız bir seyyah ve araştırmacı olan Emile Gautier tarafından İstanbul’a getirilişini okuruz. Emile Gautier, dostu veziri azam Kalabalık Hasan Paşa ile birlikte kitabın sırrını aydınlatabilmek için Rum ve Ermeni patriklerinden, hahambaşına, İstanbul’da bulunan bazı İslam âlimlerine kadar pek çok kişinin kapısını çalmaktadır. Bir bölüm atlamalı olarak 1950’lerle 1700’ler arasında gidip gelen roman burada, Emile Gautier ve Hasan Paşa’nın yıllar önce Malta Adası’nda ilk kez karşılaştıkları zamana döner. Sırp asıllı olan Hasan Paşa- o zamanki ismiyle Miloş, ailesiyle Akdeniz’de yaptığı bir yolculukta İspanyol korsanlarına esir düşerek bu adaya getirilmiş ve burada uzun yıllar tutsak kaldıktan sonra esir pazarında Emile Gautier tarafından köle olarak satın alınmıştır. Aslında Emile Gautier bir esir taciri değildir; dostu François Marie ile yazın Akdeniz limanlarını dolaşıp bulabildiği ilginç kitapları toplayarak koleksiyonunu zenginleştiren kışın da Fransa’da araştırmalar yapan Marsilyalı zengin bir ailenin üyesidir. Miloş’u, yine adada bulduğu bir cariyeyle birlikte daha sonra özgürlüklerine kavuşturmak üzere satın almıştır.

Miloş onun bu iyiliğinin altında kalmaz; ilk uğradıkları liman olan İskenderiye’de esir kızla birlikte gemiden ayrılıp Kahire’ye gider. Giderken Emile Gautier kendisine bir miktar para da vermiştir. Miloş, Malta’da görür görmez âşık olduğu Almira’yı bir hana yerleştirir ve kendisine de şık bir kıyafet alarak Kahire’de tanıştığı Cabbar isimli bir Türk sayesinde şehrin en ünlü sahaflarından biriyle buluşur ve adamın elindeki değerli kitapları almaya parası yetmeyeceğini anlayınca Yahudi sahafı ve Cabbar’ı öldürüp kitapları çalar.

İskenderiye’ye dönüp kitapları Emile Gautier’ye hediye olarak verdikten sonra kızı bıraktığı hana gelir, fakat yolda rahatsızlanan Almira ölmüştür. Bundan sonra ülkesine döner ve devşirme olarak Osmanlı ordusuna kaydolur, adı Hasan olarak değiştirilir. Uzun yıllar farklı görevlerde gösterdiği başarılardan sonra sadrazamlık makamına kadar yükselir. Sadrazam olduğunda haber yollayarak eski efendisi ve dostu Emile Gautier’i İstanbul’a davet eder. Aradan geçen yıllarda Emile Gautier ve dostu François Marie, Miloş’un kendilerine hediye ettiği kitaplardan birindeki mucizenin hemen farkına varmışlar, fakat onca yıl araştırmalarına rağmen kitapta yazanları çözememişlerdir.

François Marie, Kral XV Louis hakkında yazdıkları yüzünde Bastille hapishanesinde mahkûm olduğundan Emile Gautier İstanbul’a yalnız gelir. İstanbul’!a gelişinde paşaya kitaptan söz eder. Kitap Hasan Paşa’nın da ilgisini çeker ve birlikte bu esrarengiz kitabın sırrını aydınlatabilecek âlimleri ve din adamlarını ziyaret etmeye başlarlar. Kitabı götürdükleri kişilerin arasında o dönemde Osmanlı İmparatorluğu’na ilk matbaayı getiren İbrahim Müteferrika gibi bilim adamları, Fransa Kralı XV Louis’nin emriyle Osmanlı kitaplıklarında Bizans el yazmalarını araştıran Fransız rahip Sevin gibi, dönemin Hahambaşısı, Fener Rum Patriği, Ermeni Patriği gibi şahsiyetler, Molla İshak Efendi gibi sufiler bulunmaktadır. Bu ziyaretlerde yakında Humbaracıbaşı Mustafa Paşa olarak anılmaya başlayacak olan Fransız asıllı bir paşa olan François Menard da Hasan Paşa ile Emile Gautier’ye katılır.

Diğer tarafta, 1950’li yılların İstanbul’unda, Ömer ve arkadaşları akşamları toplanıp felsefe sohbetleri yaptıkları terkedilmiş bir evde kayıp kitapla ilgili bulduklarını birbirleriyle paylaşmaktadırlar. Kitabın aslının 18.yüzyıl İstanbul’unda hahambaşına gittikten hemen sonraki, 1950’lerde geçen bölümde David bulduklarını anlatır. Fener Rum patriği ziyaretinden sonra Teodor sözü alır, Ermeni patriği ile görüşülmesinin ardındansa sıra Raffi’ye gelir.

Hasan Paşa ve Emile Gautier devrin önemli âlimlerinden Molla İshak Efendi’nin evini ziyarete geldikleri gece şeyhülislam Mehmed Rıza Efendi’nin adamları tarafından evin kundaklanmasıyla kitap alevler içinde kalır fakat yanmaz. Rıza Efendi kitabı gizlice alıp Sultan I. Mahmut’a götürür. Hasan Paşa ve Emile Gautier yangından kurtulur fakat Molla İshak Efendi tam da kitapla ilgili bir şeyler bulmuşken çıkan yangında ölür.

Bundan hemen sonraki bölümde 1950’lere döndüğümüzde Ömer sözü almış anlatırken terkedilmiş evi aniden basan gericiler burada şeytani işlerle uğraştıkları gerekçesiyle Ömer ve arkadaşlarını döver, evi de yakarlar. Bunun üzerine bir süre toplanmamaya karar verirler.

Kendini kitabın sırrını aydınlatmaya adayan Emile Gautier, kitabın sırrını çözme hayallerinin de kitapla birlikte yanıp kül olduğunu düşünerek İstanbul’dan ayrılır. Ardından Sultan I. Mahmut, Hasan Paşa’yı azledip kitabı da yanına vererek Osmanlı ordusu ile Bağdat’a savaşa gönderir. Hasan Paşa buradaki çarpışmalarda şehit düşer ve kitap Nadir Şah’ın eline geçer.

Yıllar sonra, Nadir Şah’ın ölümünün ardından kitap yeniden Osmanlılara hediye olarak geri verilir ve türlü entrikalar sonunda sadrazam olan Cebecizade Halil’in eline geçer. Halil Paşa Bağdat’ta kitabın bir kopyasını yazdırıp, Osmanlı İmparatorluğu’na verilecek hediyelerin arasında bulunan Nadir Şah’ın tahtının arkasındaki gizli bölmede duran aslı ile değiştirmiştir.

Ömer ve arkadaşları okulu bitirip hepsi hayatın taşlı yollarında kendilerine bir gelecek çizme telaşı içine girmişler ve kitapla eskisi kadar ilgilenemez olmuşlardır. Ömer evlenir ve kitap çevirileri yapmaya başlar. David bir sahafın yanında çalışmaktadır. Teodor babasının bakkal dükkânını devralır, Raffi işsizdir, evde tuhaf bir ruh hali içinde sürekli roman yazmakta ve gün geçtikçe dış dünyadan uzaklaşmaktadır.

Esrarengiz kitabın değerli bir büyü kitabı olduğunu zanneden, büyücülüğe meraklı Karamanlı Ali Paşa bir gece gizlice kethüdası Cebecizade Halil’den kitabı çalar fakat kısa bir süre sonra Cebecizade Halil kitabı geri alır. Bunun üzerine aklını kaçıran Ali Paşa esrarengiz bir şekilde ortadan kaybolur. Daha sonraki yıllarda paşalık rütbesine yükselip sonra da sultanın ölümüyle gözden düşüp diyar diyar dolaşan sürgünlere yollanan Halil Paşa kitabın gizlediği gerçeği aramaktan vazgeçmez. Başından geçen pek çok maceradan sonra görevinden ayrılıp kitabı da yanına alarak memleketi Darende’ye gider. Yanından hiç ayırmadığı esrarengiz kitabı burada yaptırdığı bir kütüphanedeki binlerce cilt kitabın arasına sakladıktan sonra da orada vefat eder.

1955 yılının 6-7 Eylül günlerinde Atatürk’ün Selanik’teki evinin bombaladığı haberiyle galeyana gelen bir grubun İstanbul’da gayrimüslimlerin dükkânlarını, evlerini ve ibadethanelerini yakıp yıkmaya başlamalarıyla, sonradan tarihe 6-7 Eylül olayları olarak geçecek hadiseler cereyan ederken sahaflar çarşısı da ateşe verilir. Çıkan yangında buradaki bir kitapçı dükkânında çalışan David ölür.

Raffi ruhsal ve fiziksel olarak gün geçtikçe daha kötüleşmeye başlamıştır. Evden hiç çıkmadan sürekli romanlar yazmaktadır. Teodor da işleri nedeniyle arkadaşlarından uzaklaşmıştır. Ömer tüm sıkıntılarına rağmen kitapla ilgili araştırmaları bırakmamış, hatta önemli ipuçları bulmuştur.

Roman yine 18.yüzyıla döner bu kez tarihte 6-7 Eylül olaylarına benzer bir hadise olan ve sahte peygamber vakası olarak anılan hadisenin geçtiği günlerde, Darende’de Halil Paşa’nın gizlediği yerde ebediyen kalacağı düşünülen kitabı, İran’dan gelen tuhaf giyimli bir adam, gizli bölmesinden bulup çıkarır ve Kûm şehrindeki dergâhına götürür. Zal adındaki bu esrarengiz kişi, bir zamanlar İstanbul’da evinde çıkan yangında ölen Molla İshak Efendi’nin de mensubu olduğu gizli bir tarikatın kalan son üyelerinden biridir. Tarikat üyeleri bu kitabın, İsrafil’in Sur borusuyla başlatacağı öte âlemin veya yeni dünyanın kutsal kitabı olduğuna ve İsrafil’in de, ancak Kıyametten sonra anlaşılabilecek gizli bir şifreyle yazılmış olan bu kutsal kitabı koruduğuna inanmaktadırlar. Ellerinde kitabın aslı yoksa da, şifresini çözmelerine yardımcı olacak bazı yazmalar bulunmaktadır. Fakat Zal da bu kitabın aslını ele geçirmesine rağmen içindeki şifreyi çözmeye fırsat bulamaz.

Yeniden 1950’li yıllara döndüğümüzde Raffi ölür. Onun ölümü Ömer’de büyük bir çöküntüye yol açar ve bir süreliğine ortadan yok olur. Geri döndüğünde kalan son dostu Teodor’un kendisine Raffi’nin o güne kadar yazdığı tüm romanların müsveddelerini bıraktığını öğrenir. Bir çuvalın içinde Raffi’nin o güne kadar yazdığı romanlarla tuttuğu günlük bulunmaktadır.

Ömer, Raffi’nin kendisine bıraktığı son romanın diğerlerinden ayrıcalıklı olduğunu ve ölmeden önce en çok onu beğeneceğini söylediğini hatırlar ve ilk olarak bu romanı okumaya başlar.

İşte burada aslında romanın iki ayrı tarih düzlemde değil, sadece 1950’lerde geçtiğini öğreniriz. Osmanlı döneminde geçen tüm olaylar, tüm kahramanlar, Raffi’nin kitabı arkadaşlarıyla ararken bulduklarından, Ömer’in, David’in kendisine anlattıklarından yola çıkarak yarattığı bir romanın içinde yer alan kurgusal olaylar ve hayali roman kahramanlarından ibarettir. İsrafil’le bağlantılı bir tarikata ait olduğu düşünülen kayıp kitap Zal, Cebecizade Halil, Emile Gautier, Hasan Paşa, hepsi Raffi’nin kendisinin bulduğu ve arkadaşlarının anlattıklarından esinlenerek yarattığı kurgunun parçalarıdır. Ömer bütün bu izlerden, romanla geçmişte yaşadıklarıyla bağlantılar kurarak gerçek ile hayal arasında kaybolunca romanın sonunda kendisini Topkapı sarayında bulur.

Yine, tıpkı Raffi’nin romanında, Hasan Paşa’nın Sultan Mahmut’un huzuruna çıktığı günkü gibi karlı bir gündür. Aklı kitabın kopyasınadır, Raffi’nin romanında sözünü ettiği Nadir Şah’ın tahtının arkasındaki gizli bölmede saklı duran kopyada… Ömer, artık neyin gerçek neyin hayal olduğunu kavrayamaz bir haldedir. Gerçekten tahtın gizli bölmesinde durduğuna inandığı kitabı alabilmek için Topkapı Sarayı’na gidip, Nadir Şah’ın I. Mahmut’a hediye ettiği Taht-ı Tavus’u koruyan camekânı kırar.

Roman, dedesinin Ömer’e esrarengiz kitaptan söz ettiği gün yazdığı ve kütüphanesindeki kitaplardan birinin kalın cildinin içine oyduğu gizli bir bölmeye sakladığı mektupla sona erer. Dede burada, kitabı gerçekten bulduğunu ve sayfalarında gördüklerini dilinin döndüğünce anlatmaya çalışmaktadır. Fakat Ömer bu mektubu asla okuyamayacaktır.